中秘自贸协定是我国与拉美国家签署的首个全面的自贸协定。升级中秘自贸协定是贯彻落实党的二十大、二十届三中全会精神的具体举措，是扩大面向全球的高标准自由贸易区网络的最新成果。签署《议定书》有利于深挖双边贸易投资合作潜力，为两国企业创造更好的营商环境，进一步保护和促进双向投资，为两国企业和人民带来更多实实在在的利益。同时，签署《议定书》也体现了两国共同支持多边主义和开放的区域主义的共同意愿和坚定决心，向国际社会发出了反对贸易保护主义和单边主义的强烈信号。
中秘自贸协定于2009年4月签署，2010年3月1日起生效实施。2016年11月，习近平主席访问秘鲁期间，双方决定启动中秘自贸协定升级联合研究，并于2018年9月完成。同年11月，在APEC领导人非正式会议期间，双方宣布启动中秘自贸协定升级谈判。在两国领导人政治引领下，双方开展了七轮谈判，就原产地规则、海关程序与贸易便利化、卫生与植物卫生措施、服务贸易、商务人员临时入境、投资、电子商务、竞争、知识产权、标准与合格评定合作、全球供应链、环境与贸易等领域深入开展磋商。2024年6月28日，习近平主席与秘总统博鲁阿尔特在北京会晤时宣布实质性完成中秘自贸协定升级谈判。此后，双方共同完成了协定文本的法律审核和翻译等工作，并分别履行了各自国内程序。2024年11月14日，双方正式签署《议定书》。
《议定书》对原自贸协定进行升级，进一步完善了原产地规则、海关程序与贸易便利化、卫生与植物卫生措施、知识产权、服务贸易、商务人员临时入境和投资等7个协定原有章节，在原有协定17个章节基础上新增了标准与合格评定合作、竞争政策、电子商务、全球供应链、环境与贸易等5个章节。《议定书》文本包括序言、新增和更新的章节及相关附件以及一般性条款。主要内容如下：
原产地规则章将电子联网条款写入协定，完成产品特定原产地规则转版并明确转版程序神枪狙击23集，取消原产地证书产品项数限制。海关程序与贸易便利化章对申报相关的请求答复、信息交换、货物通关、快件通关、易腐货物通关作出详细规定，双方以“三智”海关合作为基础，旨在利用信息手段优化海关程序，加强高水平合作。卫生与植物卫生措施章对两国相关法律法规透明度提出更高要求，通过口岸措施条款规范口岸执法的透明性，并设置磋商机制，有利于及时解决双边贸易中的技术性问题，进一步降低非关税措施影响。
服务贸易章吸收世贸组织《服务贸易国内规制参考文件》和《全面与进步跨太平洋伙伴关系协定》(CPTPP)相关内容神枪狙击23集，提升了服务贸易国内规制相关规则；同时，深化务实合作，新增专业服务、运输服务、文化与视听服务合作、电信服务等4个具体领域附件，将进一步加强双方在上述领域的政策对接与交流合作。商务人员临时入境章纳入了商务人员入境快速申请程序条款，有利于双方商务人员更加高效办理签证程序。投资章大幅完善投资争端解决机制，补充细化了提交投资仲裁的范围、争端方对投资仲裁的同意、仲裁庭组成、专家报告、初步异议裁决、合并审理、裁决履行等规则，为投资者海外维权提供更明确指引；同时，部分改进投资实体规则，对债权是否构成投资、最惠国待遇条款、征收条款的内容做了进一步澄清，增加了打击腐败行为的规定。与此同时，双方还商定，将在《议定书》生效后两年内启动服务贸易和投资负面清单谈判，并争取于启动后两年内完成谈判。
电子商务章主要包括国内监管框架、电子认证和电子签名、在线消费者保护、个人信息保护、非应邀商业电子信息、无纸贸易、合作等内容。竞争章主要包括竞争执法、透明度、技术合作、消费者保护、磋商、争端解决等，并承诺未来每两年重新评估本章作出更高承诺的可能性。知识产权章丰富完善了遗传资源、传统知识和民间文艺以及地理标志等领域合作规则神枪狙击23集，在协定中纳入新的地理标志；同时，拓宽合作范围，新增8个条款，包括知识产权与公共卫生、专利、商标、透明度、实施等内容。标准与合格评定合作章同意在制定和改进标准、技术法规和合格评定程序以及标准和合格评定结果互认等方面加强合作，成立专门合作机制，并提出了各自感兴趣的意向性合作清单。全球供应链章包括鼓励多式联运、促进外贸物流通道和基础设施建设、供应链信息技术应用、数字信息交换合作以及技术合作等。环境与贸易章主要包括努力继续提高环境保护水平，不通过环境保护标准或相关法律法规变相鼓励或限制贸易，加强环境领域合作等。
一是对标国际高标准经贸规则，全面提升规则承诺水平。《议定书》在中秘自贸协定的基础上，以独立章节形式新增了标准合作、竞争政策、电子商务、全球供应链、环境等议题，完善细化了原产地规则、海关程序与贸易便利化、卫生与植物卫生措施、知识产权等原有章节有关规定。其中，全球供应链章节是双方在自贸协定项下的创新之举，彰显了两国维护全球产业链供应链稳定的坚定立场。同时，相关章节部分条款体现了与CPTPP等国际高标准经贸规则的兼容对接，体现了全球经贸规则最新发展趋势，体现了我国主动对接国际高标准经贸规则的积极开放姿态。
二是积极推动标准合作，首次在自贸协定中专门设立标准与合格评定合作章节。双方同意在制定和改进标准、技术法规和合格评定程序以及标准和合格评定结果互认等方面加强合作，成立专门合作机制，并提出了合作清单。这是中方在自贸协定中首创专门的标准与合格评定合作章节，将为两国开展标准合作搭建良好平台，减少两国企业开展经贸合作的合规成本，为促进双边贸易进一步增长创造有利条件。
三是积极推动优化营商环境，全面提升服务投资纪律水平。服务贸易方面，双方参考世贸组织和CPTPP相关最新成果，细化和提升了服务贸易国内规制相关规则，增加重点领域合作，为双方产业深化服务贸易合作创造更有利条件和更多机会。投资方面，双方对接国际高标准经贸规则，在既有自贸协定投资章基础上完善投资争端解决机制，细化了最惠国待遇、征收条款有关内容。同时，双方就服务贸易和投资负面清单谈判设置了未来条款，将进一步提高服务贸易和投资领域开放水平。《议定书》有利于削减中秘两国间服务贸易和投资有关限制和壁垒，不断提高双向贸易投资自由化便利化水平。