一是长江干支流岸线一公里范围内存在违法违规建设行为。2019年1月国家有关部门印发的《长江经济带发展负面清单指南(试行)》和2021年3月施行的长江保护法均明确，禁止在长江干支流岸线一公里范围内新建、扩建化工园区和化工项目。皖河是长江一级支流，石门湖处于长江与皖河交汇处，南侧与皖河连成一体，东南侧与长江干流直接连通，石门湖西侧和东侧分别建有安庆高新区(化工园区)山口片区和凤凰片区。
2020年10月山口片区选址时，安庆市违规将皖河岸线一公里范围内部分区域划入。2021年2月安徽省生态环境部门审查的规划环评指出，山口片区在皖河岸线一公里范围内雪之少女国语版，要求主动避让；安庆高新区在对入园化工项目进行环评审查时，也发现有项目位于皖河岸线一公里范围内，但安庆市为了给化工园区和化工项目让路雪之少女国语版，仍然推动调整河湖岸线，通过将皖河北侧部分河汊调出河道管理范围、入长江口部分水域划入石门湖等手段，缩减皖河河道管理范围，违法规避岸线一公里范围管控要求。2019年以来，山口片区违法填占湖泊水面586亩，特别是2021年以来还填占水面495亩。
月山河是皖河支流，是长江二级支流，根据第一次全国水利普查成果和安徽省有关部门2019年印发的《关于加快推进河湖管理范围划定工作的通知》《安徽省河湖管理范围和水利工程管理与保护范围划定工作技术指南(试行)》，月山河长度为27公里，石门湖应纳入月山河统一划定管理范围外缘边界线。督察发现，安庆市以石门湖是独立湖泊为由，在湖泊岸线一公里范围内建设山口片区和化工项目，加剧了区域生态环境风险。长江保护法实施以来，安庆市还在长江干流岸线一公里范围内新建化工项目，风险隐患突出。
督察还发现，2021年1月，安徽省批准设立安庆江豚省级自然保护区后，该企业违规占用的岸线及江滩属于保护区核心区范围雪之少女国语版，但当地一直未对企业违法违规占用保护区核心区问题进行处理。2024年4月，督察人员暗查发现，该公司仍在核心区内进行船舶修造。安徽省有关部门现场检查指出该区域属于保护区核心区后，宿松县要求企业移除核心区内的船只和生产设施并建设隔离网。9月督察人员现场调查仍发现，该企业东侧隔离网多处被人为破坏，人员和机械频繁进出。
三是一些修造船企业违法向长江干流排污。铜陵市枞阳县泰航船舶有限公司使用长江岸线从事修造船业务。督察发现，其生活污水处理设施不正常运行，污水从收集池溢流直排长江，监测结果显示，外排污水化学需氧量、氨氮浓度达188毫克/升、28.6毫克/升，分别超地表水Ⅲ类标准8.4倍、27.6倍。4号船台临江侧未建设雨污水收集设施，冲洗场地内打磨废砂、切割碎屑等固体废物产生的黑色污水直接排入长江；5号船台雨污水收集池未设置进水口，场地内雨污水无法收集，在江滩上形成排污痕迹。