一是长江干支流岸线一公里范围内存在违法违规建设行为。2019年1月国家有关部门印发的《长江经济带发展负面清单指南(试行)》和2021年3月施行的长江保护法均明确，禁止在长江干支流岸线一公里范围内新建、扩建化工园区和化工项目。皖河是长江一级支流，石门湖处于长江与皖河交汇处，南侧与皖河连成一体，东南侧与长江干流直接连通，石门湖西侧和东侧分别建有安庆高新区(化工园区)山口片区和凤凰片区。
2020年10月山口片区选址时，安庆市违规将皖河岸线一公里范围内部分区域划入。2021年2月安徽省生态环境部门审查的规划环评指出，山口片区在皖河岸线一公里范围内，要求主动避让；安庆高新区在对入园化工项目进行环评审查时，也发现有项目位于皖河岸线一公里范围内，但安庆市为了给化工园区和化工项目让路，仍然推动调整河湖岸线，通过将皖河北侧部分河汊调出河道管理范围、入长江口部分水域划入石门湖等手段，缩减皖河河道管理范围，违法规避岸线一公里范围管控要求。2019年以来，山口片区违法填占湖泊水面586亩，特别是2021年以来还填占水面495亩。
月山河是皖河支流，是长江二级支流，根据第一次全国水利普查成果和安徽省有关部门2019年印发的《关于加快推进河湖管理范围划定工作的通知》《安徽省河湖管理范围和水利工程管理与保护范围划定工作技术指南(试行)》，月山河长度为27公里，石门湖应纳入月山河统一划定管理范围外缘边界线。督察发现，安庆市以石门湖是独立湖泊为由水落石出第五部，在湖泊岸线一公里范围内建设山口片区和化工项目，加剧了区域生态环境风险。长江保护法实施以来水落石出第五部，安庆市还在长江干流岸线一公里范围内新建化工项目，风险隐患突出。
督察还发现，2021年1月，安徽省批准设立安庆江豚省级自然保护区后，该企业违规占用的岸线及江滩属于保护区核心区范围，但当地一直未对企业违法违规占用保护区核心区问题进行处理。2024年4月，督察人员暗查发现，该公司仍在核心区内进行船舶修造。安徽省有关部门现场检查指出该区域属于保护区核心区后，宿松县要求企业移除核心区内的船只和生产设施并建设隔离网。9月督察人员现场调查仍发现，该企业东侧隔离网多处被人为破坏，人员和机械频繁进出。
三是一些修造船企业违法向长江干流排污。铜陵市枞阳县泰航船舶有限公司使用长江岸线从事修造船业务。督察发现，其生活污水处理设施不正常运行，污水从收集池溢流直排长江，监测结果显示，外排污水化学需氧量、氨氮浓度达188毫克/升、28.6毫克/升，分别超地表水Ⅲ类标准8.4倍、27.6倍。4号船台临江侧未建设雨污水收集设施，冲洗场地内打磨废砂、切割碎屑等固体废物产生的黑色污水直接排入长江；5号船台雨污水收集池未设置进水口，场地内雨污水无法收集水落石出第五部，在江滩上形成排污痕迹。