一是坚持党的全面领导。检察公益诉讼制度经过十年实践，在制度运行中协同多方主体共同实现公益保护目标，其背后的制度逻辑是党领导下统筹协调、综合发力的社会主义制度优势，党委领导是检察机关履行公益诉讼检察职能的坚强保障。在办理南四湖专案过程中，检察机关积极争取地方党委支持，融合法治监督体系合力，有效督促地方政府及行政机关依法履职。山东、江苏、安徽三省检察机关在第一时间向地方党委政府报告最高检立案情况，时任三省党委主要领导均作出批示，为解决仅靠一地之力难以整治省际交界的治污难题发挥关键作用。
二是依法开展一体监督、综合履职。检察公益诉讼是以监督来保障法治，以法治来促进国家治理的制度安排。在办理南四湖专案过程中，四级检察机关以司法办案为中心，最高检以事立案，运用检察一体化办案机制，统筹不同地方检察机关一体化办案，依法开展行政公益诉讼和民事公益诉讼。四级检察机关分层次分类别立案公益诉讼案件205件，其中市、县两级检察机关立案196件，山东、江苏省级检察院立案8件，最高检直接立案1件。四级检察机关递进运用磋商、检察建议和提起诉讼的方式推动解决公益受损问题，经磋商和检察建议后仍不能实现公益保护目标的，坚决以“诉”的确认体现司法价值引领；依法提起民事公益诉讼20件，追究违法主体民事责任。注重加强跨区划跨系统协作，江苏、山东两省检察机关出台深化跨省协作配合加强南四湖流域公益保护工作意见，同步办理行政公益诉讼案件120件。
三是充分加强行政执法与检察公益诉讼协作。检察公益诉讼是监督之诉、督促之诉、协同之诉。南四湖流域水污染物排放标准不统一绝对计划高清，是影响流域上下游、左右岸贯通一体生态环境治理的根源性问题。最高检秉持“双赢多赢共赢”理念，积极协调生态环境部淮河流域生态环境监督管理局，督促山东、江苏、安徽、河南四省着手编制南四湖流域水污染物综合排放标准。这是首个国家牵头统一编制、以地方标准形式发布的流域型综合排放标准，填补了南四湖流域水环境保护统一执法标准的空白。江苏、山东、安徽等省级检察院与水利部淮河水利委员会共同签署加强淮河流域水行政执法与检察公益诉讼协作意见，进一步加强跨区划跨系统协作。