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中国社科院科技考古与文化遗产保护重点实验室下设碳十四年代学、古DNA、同位素分析、残留物分析、环境考古、人骨考古、动物考古、植物考古、木材考古、冶金考古、玉石器考古、陶瓷玻璃考古、数字考古、纺织考古、文物保护科技、文物保护修复、考古遗产、实验室考古方舱等18个子实验室，以及中华文明探源、夏商文明、“一带一路”、中华民族共同体研究、大数据与人工智能等5个科技考古联合实验室。
科技考古与文化遗产保护重点实验室综合运用生物学、分子生物学、化学、地学、物理学等学科的先进技术，组织开展跨学科、跨单位科技考古与文化遗产保护研究工作。未来5年，该重点实验室将围绕重大历史问题的科技考古与文化遗产保护持续取得进展，深化中华文明探源和夏商文明科技考古研究，推进数据库建设，对中华文明的认知不断加深，主持或主要参与国家重大项目，为国家战略服务。同时，开展世界级科技考古与文化遗产保护重大课题研究，为人类文明研究和世界文明交流互鉴贡献中国智慧与力量。