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彭昌军先后主持7项国家自然科学基金面上项目、1项国家自然科学基金重点项目（合作）、1项科技部973课题及1项科技部973子课题等的研究工作，在国内外学术期刊上发表论文200多篇。曾获国家科技进步二等奖（在多组分系统相平衡数据测试和模型参数确立等方面做出主要贡献）和上海市自然科学一等奖（在自由空间模型上的状态方程及其在气体在高分子中的溶解度、离子液体的相平衡以及格子模型上高分子吸附的计算机模拟等方面做出主要贡献）。
