在良渚文化早期，聚落产生了明显的等级分化，各小型聚落都利用山前地貌进行改造，但遗址群不存在统一规划，表现出分散的多中心模式。到良渚中期，在遗址群的中心位置，开始统一营建莫角山、反山等大型礼仪空间，其与三面山体保持了大约3公里的统一距离，显示了居中而建的规划理念。到良渚晚期，又持续营建城墙、外郭，形成结构完备的良渚古城体系。
据杭州良渚遗址管理区党工委书记、管委会主任王姝介绍，良渚遗址是点多面广的超大型土遗址，保护管理挑战大、难度高，“为了提升良渚遗址全域系统性保护水平，我们以第二批国家文物保护利用示范区创建工作为抓手，持续开展文物安全365行动，围绕‘发掘—保护—研究—利用’全生命周期，研发打造‘良渚遗址5000+数智应用’平台，用数字化和高科技手段建立了大遗址综合保护的‘最强大脑’”。
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