多位受访的科幻圈人士称，姚海军对中国科幻文学的发展是有贡献的，他参与了科幻作家刘慈欣的《三体》等优秀作品的出版，还推动“中国科幻基石丛书”的编撰和发布，让小众科幻圈逐步受到外界关注。但与此同时，近年来，关于姚海军无视版权、私自出版牟利的质疑声也出现了。其在快退休前，因“涉嫌严重违纪违法”被查的结局，令人唏嘘。
1988年，姚海军从技校毕业后爱丽丝梦游奇境记，被分配到黑龙江省伊春市伊敏林场当工人，负责运材、选材、伐木等工作。曾有媒体称，在那段时间，姚海军“白天砍树，晚上全力以赴办《星云》刊物。稿件由全国的科幻作家和出版社编辑提供，两三个月出一期，他一个人完成编辑、校对、排版、印刷。最初《星云》是手刻蜡纸，后来变成了油印、铅印，通过邮政给全国的科幻迷寄，一期最多寄过1200本”。
因为办《星云》杂志，姚海军与各地科幻作者、编辑、读者建立了紧密联系。1997年，世界科幻大会在北京召开，主业还是林场工人的姚海军应邀参会爱丽丝梦游奇境记，在会上，他结识了吴岩、韩松、刘慈欣等科幻作家，还与时任山西《科幻大王》的副主编马俊英有了深入交流。在后者的邀请下，他辞去林场工人的工作，远赴太原，出任该刊编辑。
2006年5月，《科幻世界》开始连载刘慈欣的小说《三体》。姚海军后来做客某档电视台访谈类节目时说，作为《三体》的编辑和读者，他一开始看到这部作品，就非常激动，被深深吸引，《三体》体现了只有科幻才有的美感。“我们杂志的传阅率为一比四，也就是每一期杂志通常有四个人看爱丽丝梦游奇境记，以当时的销量，每一期是一百多万读者在看。”姚海军认为这一百多万的读者将是未来《三体》三部曲最稳定的读者。
2010年8月8日，首届全球华语科幻星云奖在成都举行颁奖仪式，姚海军获得最佳编辑奖。刘慈欣为其颁奖时不吝赞誉，称“姚海军是中国的坎贝尔”。坎贝尔是美国最著名的科幻作品编辑，被称为美国科幻小说“黄金时代”的开山祖，由他主编的《惊险科幻小说》杂志，培养了包括《银河帝国》作者阿西莫夫在内的众多科幻作家，对科幻文学的发展作出了重要贡献。
2024年8月19日，四川科幻世界杂志社有限公司发布调整班子成员分工的公告。该公告称：“为更好适应当前我国科幻市场变化，推动科幻繁荣发展，经研究决定，科幻世界对部分领导班子成员分管内容做如下调整：副总编姚海军同志全面负责公司编辑工作，领导编委会开展工作。新增分管《科幻世界》编辑部，原分管的图书部、译文版编辑部、《四川科技报》不变。”
《科幻世界》曾发生过两次著名的“倒社长事件”。2010年3月21日，一封署名为“《科幻世界》全体员工”的公开信在网上热传，其中称：“时任《科幻世界》杂志社社长、总编辑李昶上任后，这本原本极具雄心和视野的杂志爱丽丝梦游奇境记，很快变成了井底之蛙、鼠目寸光。如果继续容忍李昶不懂装懂瞎指挥、不作为乃至胡作为，《科幻世界》很快就将面目全非。那不仅是读者的悲哀，更是中国科幻的悲哀。”
2015年1月8日，四川省新闻出版广电局和四川省版权局发布《2014年新闻报刊行政处罚案件(十一)》，称2012年9月至2014年4月期间，《科幻世界》杂志社以“四川科幻世界杂志社”的名义，分别与成都翰昌广告有限责任公司等4家单位签订协议，转让期刊《飞》的刊号，违反相关规定，给予《科幻世界》杂志社和四川科幻世界杂志社警告、罚款985600元、责令《飞》停刊整顿4个月的行政处罚。
此外，姚海军还被曝出过涉嫌无视版权私自牟利问题。2021年爱丽丝梦游奇境记，一位曾在《科幻世界》杂志工作过的编辑撰文批评姚海军涉及版权问题。这名编辑称，姚海军代表《科幻世界》杂志社与外省出版社合作，将在《科幻世界》上发表过的部分作品结集成书。这位编辑称：“至于怎么合作的，如何分账如何算钱，迄今我也没调查出来。因为这套书完全没进(《科幻世界》)杂志社的出版发行体系，所以社里大多数人都不知道这套书存在。”