由于用量小、操作方便、价格低廉，孔雀石绿在水产养殖领域被广泛使用。但20世纪90年代国内外研究学者陆续发现，孔雀石绿具有较多副作用。2002年5月，我国将其列入《食品动物禁用的兽药及其它化合物清单》。在农业行业标准《NY5071-2002 无公害食品渔用药物使用准则》中更是明确将孔雀石绿列为禁用药物。农业部公告第 235 号指出血色犯罪现场，在动物性食品中不得检出孔雀石绿。
孔雀石绿潜在危害具体表现为：孔雀石绿具有强毒性、高残留性。孔雀石绿及隐色孔雀石绿对实验动物具有急性毒性。相关研究发现，孔雀石绿进入鱼体内会转化为隐色孔雀石绿，隐色孔雀石绿的亲脂性使其很容易透过水产品动物组织的间隙，在短时间内聚集形成有效血药浓度，会损坏鱼类肾、肠等器官，阻碍鱼体正常排泄和解毒机能，进而造成鱼体内药物的消除速度减慢，药物蓄积中毒，影响鱼类的正常生长发育。
首先，水产养殖户很难找到效果接近的替代药物。为预防和治疗鱼身碰撞刮伤，养殖户通常将孔雀石绿添加于2-3周龄的幼鱼或捞捕池中成鱼及后续运输过程。由于孔雀石绿在控制鱼类的水霉病、原虫病等疾病时效果好、成本低血色犯罪现场，消毒后的鱼即使死亡后颜色也较为鲜亮血色犯罪现场，消费者很难从外表分辨。如果没有适合的替代药物，养殖户很难纠正添加的错误行为。
首先，不仅要提升水产养殖者安全用药意识血色犯罪现场，同时也要建立准入制度血色犯罪现场，对进入市场的水产品建立长期有效的药物残留检测监控机制。目前，国际上对进口水产制品实施孔雀石绿项目检测已成惯例，为保证消费者食鱼安全，维护我国在国际贸易中的声誉，农业部、市场监督管理总局多次要求进一步加强对孔雀石绿的监督检测血色犯罪现场，加大打击非法生产、销售和使用禁用渔药行为的力度，从源头上阻截孔雀石绿，坚决控制其非法使用，整体规范孔雀石绿的生产及使用市场。